Pepsin thương mại được tách từ lớp tuyến của dạ dày heo. Nó là một thành phần của rennet được sử dụng để đông sữa trong khi sản xuất pho mát. Pepsin được sử dụng cho một loạt các ứng dụng trong sản xuất thực phẩm: để biến đổi và cung cấp chất lượng whipping với protein đậu nành và gelatin,[34], biến đổi các protein thực vật để sử dụng trong các mặt hàng ăn nhẹ không làm từ bơ, để làm ngũ cốc nấu chín trước khi vào ngũ cốc nóng tức thời,[35] và để chuẩn bị thủy phân động vật và protein thực vật để sử dụng trong hương liệu thực phẩm và đồ uống. Nó được sử dụng trong ngành công nghiệp da để loại bỏ lông và mô còn sót lại từ da và trong việc thu hồi bạc từ phim ảnh loại bỏ bởi tiêu hóa các lớp gelatin chứa bạc.[36] Pepsin là lịch sử một chất phụ gia của Beemans gum thương hiệu kẹo cao su của Tiến sĩ Edward E. Beeman. Nó cũng cho biết tên để Pepsi-Cola, ban đầu được xây dựng với pepsin và hạt côla.

Pepsin thường được sử dụng trong việc chuẩn bị của F(ab ') 2 mảnh vỡ từ kháng thể. Trong một số thử nghiệm, nó là thích hợp để chỉ sử dụng (Fab) phần kháng nguyên-ràng buộc của kháng thể. Đối với các ứng dụng này, các kháng thể có thể được các enzyme tiêu hóa để sản xuất hoặc một Fab hoặc F(ab') 2 mảnh của kháng thể. Để sản xuất một F(ab') 2 mảnh, IgG được tiêu hóa với pepsin, phân cắt các chuỗi nặng gần khu vực bản lề. Một hoặc nhiều hơn các nhóm disulfide mà tham gia vào chuỗi nặng trong khu vực bản lề được bảo tồn, do đó, hai vùng Fab của kháng thể vẫn tham gia với nhau, cho ra một phân tử hóa trị II (chứa hai vị trí gắn kết kháng thể), do đó việc chỉ định F (ab') 2. Các chuỗi ánh sáng vẫn còn nguyên vẹn và gắn liền với chuỗi nặng. Các Fc đoạn được tiêu hóa thành các peptide nhỏ. Mảnh Fab được tạo ra bởi sự phân tách của IgG với papain thay vì pepsin. Sẽ tách papain IgG trên khu vực bản lề có chứa các liên kết disulfide mà tham gia vào chuỗi nặng, nhưng bên dưới hoạt điểm của các cầu nối disulfide giữa các chuỗi nhẹ và chuỗi nặng. Điều này tạo ra hai đơn trị riêng biệt (có chứa một vị trí bám kháng thể đơn) mảnh Fab và Fc đoạn còn nguyên vẹn. Các mảnh vỡ có thể được tinh chế bằng lọc gel, trao đổi ion, hoặc sắc ký ái lực.[37]

Fab và F (ab ') 2 mảnh kháng thể được sử dụng trong các hệ thống khảo nghiệm nơi sự hiện diện của vùng Fc có thể gây ra vấn đề. Trong mô như hạch bạch huyết hoặc lá lách, hoặc trong các chế phẩm máu ngoại vi, các tế bào có thụ thể Fc (đại thực bào, bạch cầu đơn nhân, tế bào lympho B, và các tế bào giết tự nhiên) có mặt mà có thể ràng buộc các vùng Fc của kháng thể còn nguyên vẹn, gây nhuộm nền trong khu vực không chứa các kháng nguyên mục tiêu. Sử dụng F (ab ') 2 hoặc mảnh Fab đảm bảo rằng các kháng thể được liên kết với các kháng nguyên và không thụ thể Fc. Các mảnh vỡ này cũng có thể được mong muốn để nhuộm các chế tế bào trong sự hiện diện của huyết tương, bởi vì họ không thể để ràng buộc bổ sung, có thể Lyse các tế bào. F (ab ') 2, và đến một mức độ lớn hơn Fab, mảnh cho phép nhiều địa hóa chính xác của các kháng nguyên mục tiêu, ví dụ, trong mô nhuộm cho kính hiển vi điện tử. Các hóa trị của F (ab ') 2 mảnh cho phép nó để kháng nguyên chéo liên kết, cho phép sử dụng cho xét nghiệm kết tủa, tập hợp tế bào thông qua các kháng nguyên bề mặt, hoặc xét nghiệm rosetting.[38]